Battonya Békés megye és a Békés-Csanádi löszhát déli részén fekszik.
A kora Árpád-korban keletkezett, Anya néven ismert település egy része Both nevezetű birtokosáról a Botanya elnevezést kapta. Ebben az időben kerektemploma volt, amit régészeti kutatások igazolnak.
1241-ben a tatárok, 1556-ban Gyula eleste után a törökök pusztították el. A csanádi török helyőrség parancsnoka 1640-től kezdve szerbeket telepített be, akik az 1686. évi török elleni háború során elmenekültek. Az újratelepítést 1718-ban a Bécsi udvar irányította.
Battonya 1838-ban Csanád második legnagyobb településeként mezővárosi rangot nyert. Erről 1873-ban önként lemondott, nagyközség lett.
Az 1890. évi népszámlálás adatai szerint a 12 000 itt lakóból 62% magyar, 21% szerb, 14% román, és 3,5% szlovák anyanyelvű volt.
1950-ig megőrizte járási székhely funkcióját, ekkor került Békés megyéhez. Járási illetőségű intézményei viszont megmaradtak így a bíróság, földhivatal, ügyészség, vám- és pénzügyőrség.
1989-ben városi rangot kapott.